澎湖地質公園擁有許多著名的旅遊景點，包括桶盤嶼地質公園、雙心石滬、望夫石、天台山、鴛鴦洞、將軍洞、大菓葉柱狀玄武岩、小門嶼等。

1. 桶盤嶼地質公園
桶盤嶼距離馬公島海岸6海里，整個島嶼被清晰的柱狀玄武岩環繞，這裡的柱狀節理是澎湖最豐富的，被譽為“澎湖的黃石公園”。柱狀節理和板狀節理在這裡發育良好，最初是六邊形或五邊形的岩柱，因長期風化和侵蝕，邊緣變得圓潤，顏色因氧化而褪色，有些柱狀玄武岩的頂端甚至已經風化成球形。桶盤嶼西南海岸的磨蝕平台由玄武岩熔岩形成，稱為“蓮花平台”。

2. 雙心石滬
澎湖總共有558個石滬，88個分布在吉貝嶼周圍，數量和密度居世界首位。吉貝嶼因此被稱為“石滬之家”。其中，最著名的是位於七美嶼的雙心石滬，它因其浪漫的雙心形狀而聞名，被連續評選為澎湖最美景點之一。雙心石滬原本是由玄武岩和珊瑚礁建造的傳統漁網陷阱，儘管捕撈量逐漸減少，但它吸引了無數遊客前來參觀。遊客需要查詢當日的退潮時間，才能看到完整的雙心石滬。

3. 望夫石
關於望夫石，有一個美麗而悲傷的傳說。據說在七美嶼附近，有一對恩愛的夫妻，丈夫每天出海打魚，妻子每晚都在海邊等待丈夫回家。有一天，丈夫出海遇到風暴，妻子徹夜未眠地等待，但他卻再也沒有回來。經過多年，海邊的岩石神奇地變成了人形，後人相信這是那位日夜等待丈夫的女人的形象。

4. 天台山
天台山位於望安島，這裡的崗丘草原是觀賞望安島和花嶼的最佳地點。天台山由微粒輝長岩組成，山下的海崖有著壯麗的玄武岩景觀。沿著小徑往西海岸行走，還可以看到高達30米的海蝕洞。

5. 鴛鴦洞、將軍洞
鴛鴦洞位於望安島的東北方，是自然形成的峽谷，曾是鴛鴦休憩之地，因此得名。將軍洞則是日本殖民時期的軍事遺址，用於儲存武器和避難所，部分洞穴仍然存在。

6. 大菓葉柱狀玄武岩
在日本占領期間，曾計劃在大菓葉建造一個碼頭，以改善馬公島與西嶼之間的海上交通。在施工期間，工人們發現了這些埋藏數千年的壯觀柱狀玄武岩，它成為了澎湖最容易接近的玄武岩景點之一。

7. 小門嶼
小門嶼位於西嶼北部，通過一座橋與主島相連。這座僅0.5平方公里的小島，擁有澎湖的各種地質特徵，著名的“鯨魚洞”便是經過多年侵蝕形成的海蝕拱。