馬祖海底廣闊淺平，位於寒暖海流交匯之處，加上大陸的閩江、連江及羅源等三江帶來生長旺盛的藻類、浮游生物、供養了各種魚類及海濱生物。

根據連江縣政府調查研究，馬祖魚類共有85科214種，而在這214種當中，有6科7種是台灣尚未分佈與被記錄過的魚種。主要的魚類有帶魚、鯧魚、黃魚、鯛魚、鰻魚、烏魚、鮸魚，其中最有名的是黃魚，屬石首魚科，極具經濟價值，是馬祖重要的漁獲魚種。

 馬祖也是許多釣客的最愛，其中東引鄉有著夢幻之魚-橫帶石鯛的故鄉，成為釣魚人士心中的聖地，一年四季都能作釣，因此有磯釣天堂的美名。

在退潮時的潮間帶上，正是觀察海濱生物活動的好時機，無論是藏匿或附著在岩壁間的佛手、藤壺，穿梭在礫石間的螺、貝類或螃蟹，只要走幾步，都能發現它們的蹤跡。

夢幻之魚（橫帶石鯛），東引限定

黑鯛:是鯛科家族中對水質的容忍性最強的魚類，而且也最為凶悍，會以尾鰭挖土，行動極為敏捷，產卵期在4~9月間。在馬祖產量不少，尤其以東引及亮島海域最多，也是釣客喜歡的垂釣的魚。

馬祖海洋生態資源豐沛，來到馬祖你可以到北竿橋仔村進行牽罟，體驗早期漁民捕魚的方式；或是到東莒福正沙灘撿拾花蛤及貝類，認識潮間帶多樣的生態，或是到馬祖唯一的濕地-南竿清水濕地，觀察招潮蟹，都是非常難得的體驗。

馬祖海洋資源豐富，早期都是靠捕魚為生

大白鷺

清水濕地位於南竿鄉清水澳口，是一處由泥灘、沙岸及水泥岸組成的區域，經內政部營建署列為國家級溼地。

清水濕地常見鷺科鳥類在此活動，在潮水退去時，常見的招潮蟹有清白招潮蟹(Ucalactea)與北方招潮蟹(Uca borealis)兩種，其中北方招潮蟹更是在中國沿岸分布的最北記錄，深具濕地的生態價值。

清白招潮蟹