馬祖各島的地形以丘陵地為主，山巒起伏而少平地，海岸的四周都是陡峭的山壁，僅南竿的介壽村及北竿的坂里及塘岐有較多的平地，也是當地聚落比較集中的地方。其中南竿雲台山（海拔248m）北竿的壁山（海拔298m）是馬祖南、北竿的最高點，登高遠望，馬祖起伏的山巒、平坦的沙灘及鄰近的島礁盡收眼底，天氣晴朗時還可遠望中國大陸。

南竿雲台山上視野廣闊

馬祖道路因地勢的關係，呈現上下起伏的道路

馬祖海岸在海水的作用下形成多樣的地形景觀，東引、西引壯觀的海蝕崖、南竿的鐵板一帶的岬灣，南竿鐵板沙灘、北竿坂里沙灘、東莒猛澳的海蝕拱門，以及海岸邊孤立於海上的顯礁，都是來到馬祖不可錯過的地點。

 較特別的是在大島與小島之間，常見到連島的沙灘或礫灘出現，如北竿的塘后道沙灘、東莒的犀牛嶼與西莒蛇山的連島礫灘，在退潮時形成寬廣的潮間帶及灘地，這些地方都是蘊藏豐富海濱生態的場所。

福正潮間帶與犀牛嶼