馬祖地區屬亞熱帶海洋性氣候，四季分明，冬季寒冷，曾經有氣溫低於2度及下雪的紀錄；夏季的氣溫約在27.5度。在春季及夏季的交際時，容易有霧；尤其是3至5月間，開始吹南風形成多雲霧的天氣，讓馬祖感覺深處在雲霧之間，有種朦朧之美，但卻也因此困擾了往返馬祖空中的交通。

 馬祖地區全年降雨量多集中於4 至6 月的春雨、梅雨季節，7 至9 月主要以颱風挾帶豪雨為主，年平均降雨量約1000公釐，不到台灣降雨量的一半，在秋冬之際月雨量僅50公釐，因此早期常有缺水的情況。近年來地方政府努力開發海水淡化、加入供水，目前已無缺水的問題。

西引的靜伏鱷魚，在霧中觀賞更顯其神秘感

馬祖年、月溫差大。因島嶼較小，最高的山不到300公尺，深受季風影響，溫度受其影響而有明顯的季節差異。夏季西南季風吹拂，平均氣溫較高。春季3-5月間，冷暖氣流交匯，形成多雲霧的天氣。10月至翌年3 月間，大陸冷氣團南下，受到東北季風之侵襲，故風速最大；而秋冬後幾全為北北東風或東北風，入冬後，氣溫驟降風勢強勁寒冷刺骨，常見10度以下低溫，此時來馬祖旅遊應多準備一些衣物來保暖。

 馬祖列島四面環海，季風來臨，直接壓境，隨季節而有一定規律，尤其以冬季東北季風最為強勁。由於列島並無地形阻擋，在強烈東北季風吹襲下，許多植物樹幹都朝向某個方向傾斜，也是馬祖當地相當特別的景觀。迎風面是如此，背風面則林相豐富，形成不同多樣的景觀。如下照片

馬祖冬季風花圖。冬季以東北風為主，平均風力7級、陣風10級，常造成海上航行船隻無法開航。　　

馬祖夏季風花圖，在夏季的風向以西南風為主