馬祖的岩石大部分是由花岡岩類的岩石所組成，由於質地相當堅硬，適合當作建築的材料，馬祖許多建物多是由花岡岩塊堆砌成的。馬祖的坑道及步道旁的岩石，是認識花岡岩的最佳場所。

馬祖的岩層相當堅硬，常呈現巨大的岩塊

馬祖的海岸常可見花岡岩岩層

花岡岩：屬於火成岩的一種，它是岩漿在地下深處慢慢冷卻形成的；仔細觀察岩石顏色及顆粒，有不同大小及顏色的石英、角閃石及長石礦物等；這些礦物點綴出花岡岩美麗的斑紋。

花岡岩風化後呈現黃褐色
 

東引的岩石大多為閃長岩

西莒菜埔澳據點的凝灰岩

岩石因包含礦物的種類不同，有不一樣的名稱。東引的閃長岩則是比花岡岩中的角閃石及長石礦物更多，因而稱之。西莒菜埔澳一帶的凝灰岩，則是岩漿噴出地表快速冷卻，產生與花岡岩結晶構造不同的岩石。另外，因不同時期岩漿作用形成的岩脈與岩床，在岩石上產生深淺不同顏色條紋。這些岩石之美，都是馬祖的生態旅遊中，值得仔細觀察與探索。

東引後澳的侵入岩脈，猶如岩石中的深色夾心一般