馬祖由於島嶼面積狹小，島內缺乏河川、湖泊、沼澤等可供鳥類棲息繁衍的環境，但位居大陸沿岸，成為遷移性候鳥遷徙的中繼站，進而豐富了馬祖的鳥類資源。早期調查在馬祖列島繁殖的燕鷗群數量約在9000隻左右，1999年12月，行政院農委會正式將北竿鄉的白廟、中島、鐵尖、三連嶼；南竿鄉的進嶼、瀏泉礁；東引鄉的雙子礁及莒光鄉的蛇山等八個無人島礁，公告為馬祖列島燕鷗保護區。2000年在北竿鄉中島發現的四對「神話之鳥」--黑嘴端鳳頭燕鷗，是瀕臨絕種的保育類動物，吸引了許多國際愛鳥者爭相一睹牠「神話之鳥」的風采。

東引雙子礁

台灣鳥種共608種，馬祖地區的鳥類根據2013 年台灣鳥類名錄資料顯示，共有65科349種，其中留鳥32種，冬候鳥28種，夏候鳥18種，過境鳥229種。因此遷徙性鳥類是組成馬祖特色的最大宗族群，其中常見的春過境鵐科、鶯亞科鳥類及秋過境卷尾科、鶲科鳥類最具特色。

每年的四月到九月是馬祖賞燕鷗的最佳季節，夏候鳥燕鷗由越南、印尼、菲律賓、澳洲等地北返來此繁殖，馬祖常見的燕鷗如白眉燕鷗、蒼燕鷗、鳳頭燕鷗、紅燕鷗等，另外在東引則常見大批黑尾鷗成群在安東坑道口繁殖覓食的景觀。

黑嘴端鳳頭燕鷗身長三十六公分，稀有夏候鳥，嘴為橘黃色，嘴尖為黑色，是最重要辨識特徵。頭部黑色，具有羽冠，額、胸部白色，背部至尾上覆羽灰色，翼羽灰白色，冬羽頭頂部分白色。求偶期額頭會出現黑色，孵卵育雛後開始翻白；停棲時，尾羽、翼尖幾乎等長；尾羽灰色，分叉明顯。單獨或成對飛行，棲息於海岸島嶼、河口、港灣附近，每年於四至九月繁殖，食物以魚蝦為主。黑嘴端鳳頭燕鷗是四十多種鷗科鳥類中最稀少的一種，自1863年被人類命名以來，想要看到它們的蹤影相當不易，因此被學者專家比喻為「神話之鳥」。

黑嘴端鳳頭燕鷗

大鳳頭燕鷗群居