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高蹺鴴保護區位於濱海公路與顯草街交會口南側，早期稱為高蹺鴴繁殖區，台江國家公園後來將其西南區的濕地劃為高蹺鴴濕地景觀區。此地原本為鹽田，由於發現有高蹺鴴繁殖記錄，且有生態相當豐富資源，因此劃設為保護區，面積約為54公頃。

台江國家公園的北汕尾水鳥保護區濕地景觀，大多以種植水筆仔來進行生態的復育，在大部分的濕地及鹽水溪及竹筏港溪河岸，都可以看到大量的水筆仔及其他紅樹林的生態景觀。

北汕尾水鳥保護區為台江國家公園在安南區最大面積的保護區，主要目的是提供候鳥有不被打擾的生活環境。目前區域內的舊魚塭已經停止運作，廢棄的魚塭變成了現成的濕地，提供紅樹林、候鳥、兩棲類生物廣大的生活環境。

台南青草崙海岸南起鹿耳門口，北至曾文溪口，長約5公里，此段為卵石坡面海堤，為第六河川局於2001年3月興建，堤前種植植生以保護堤基，並美化海岸。

鹽水溪口兩岸由四草大橋來連接，在四草大橋上可看到鹽水溪及竹筏港溪的會流處，北岸大部分已經開發成魚塭。北岸的大員港渡船頭目前有提供坐船遊鹽水溪的服務，鹽水溪內有許多及紅樹林及濕地景觀，可觀賞到鳥類及河口動植物生態。

北汕尾水鳥保護區有竹筏港溪的水道作為天然的屏障，因此遊客無法直接進入本區，使本區的保護效果良好。從水道的對岸相望，可見到茂密的紅樹林沿著水道生長，而許多底棲性的兩棲類生活於其間，不時有鳥類停下來覓食，生態的多樣性相當良好。

黑面琵鷺保護區緊鄰曾文溪口，黑面琵鷺在台灣最早的記錄在1863年，1989年全球數量估計少於300隻，近年黑面琵鷺的數量才逐漸回復，直到2009年全球黑面琵鷺普查發現總數達2,041隻。黑面琵鷺每年9月至10月抵台，一直待到翌年的3月至5月左右，才陸續

早期的海岸防護工法主要都是以興建堤防或放置消波塊為主，對海岸景觀造成嚴重的破壞，近年來提倡軟性及生態的海岸防護工法，如編籬定沙、太空包或沙腸袋等，保護海岸不被侵蝕。但若太空包外露時，會影響視覺，破壞景觀。

在廢棄的鹽田上，可以看到許多白鷺鷥等鳥類在此地停留及捕食魚類，在秋、冬季節甚至可以看到黑面琵鷺等保育類的鳥類，由與台江國家公園內有大面積的魚塭及鹽田區，這些都是目前鳥類重要的棲息環境。

青山港汕位於鯤身漁港南側，此地區長期受到海岸侵蝕，為了保護漁港及內側的航道，在港口堤防的南側可看到海岸防護的工程設施，從最外側的消波塊、正方形的水泥塊、太空包到最內側的編籬定沙，主要防止沙洲泥沙的流失。